|
|
Epidemiologické modelování šíření nemoci Covid-19
Schubert, Richard ; Kašpar, Jakub (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá spojitými epidemiologickými deterministickými kompartmentovými modely a specifickými rysy modelování pandemie COVID-19. Numericky je studována rozdílnost různých pravděpodobnostních rozdělení setrvání jedinců v kompartmentech na základní reprodukční číslo, respektive konečnou velikost epidemie. Je navržen nový model pro retrospektivní analýzu epidemiologických dat ze severní Itálie první poloviny roku 2020. Odhad parametrů modelu je proveden minimalizací sumy váhovaných čtvercových reziduí a prohledávaní prostoru parametrů implementací algoritmu BFGS.
|
|
|
Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno
Švestková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Práce je věnovaná koronaviru SARs-CoV-2 souvisejícím s těžkým akutním respiračním syndromem, který byl poprvé prokázán v roce 2019. Tento koronavirus zapříčinil pandemii, která ovlivnila takřka celý svět. Znalost genetické informace je potřebná pro vývoj vakcíny, zjištění nakažlivosti a pro predikci vývoje variant SARs-CoV-2. Pro získání genetických informací je třeba osekvenovat RNA a tyto genomové sekvence sestavit. Při porovnání sestavených genomů lze zjistit, v které části daný organismus mutoval. Na základě souhlasnosti či rozdílnosti v sestavených genomech je provedena fylogenetická analýza, která poukazuje na vývoj daného organismu a znázorňuje evoluční příbuznost s ostatními organismy. Praktická část je zaměřena na sestavení genomů ze vzorků od pacientů z FN Brno a vyhodnocení kvality sestavení. Po sestavení genomů je dalším cílem vyhodnocení variability a následná fylogenetická analýza.
|
|
|
Analýza koronavirů metodou QRT-PCR a možnosti terapie pomocí nanoliposomálních nosičů rekombinantních antigenů
Krchová, Lenka ; doc. RNDr. Milan Bartoš. Ph.D. (oponent) ; Turánek, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá studiem koronavirů, jejich diagnostikou a následně možnou konstrukcí rekombinantní vakcíny na bázi liposmálních nosičů rekombinantních antigenů. Experimentální část diplomové práce se dotýká dvou rovin. Nejdřív byla měřena a zkoumána diagnostika viru SARS-CoV-2 metodu real-time PCR. Bylo pracováno s biologickým materiálem velkého počtu pacientů. Společně se základním stanovením přítomnosti viru bylo zkoumáno, jak je virová částice stabilní v čase, jak odolává teplotním změnám, jaký vliv má naředění nosného media na hodnotu Ct a další dílčí experimenty. Ze všech metadat je v závěru vyhodnocena nejpřínosnější varianta pro diagnostiku patogenu. Experimentální část následně navazuje na možnou terapii pomocí rekombinantních vakcín. Tato problematika je velmi aktuální a hýbe celou odbornou veřejností. Byly připraveny liposomy, které v rekombinantních vakcínách slouží jako nosiče bioaktivních látek. Liposomy byly homogenizovány extruzí na požadovanou velikost a různě povrchově modifikovány. Bylo zkoumáno navázání antigenu, stálost v čase a případná degradace. Liposomy byl charakterizovány pomocí DLS, nanoflow cytometrie a elektronové mikroskopie.
|
|
|
Dopad pandemie COVID-19 na stavební společnosti v ČR
Mudrych, Marek ; Všetečka, Jan (oponent) ; Nováková, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce popisuje a vyhodnocuje dopad pandemie COVID-19 na stavební společnosti v ČR pomocí řízených rozhovorů s představiteli dotazovaných firem a dotazníkového šetření. Teoretická část bakalářské práce obecně popisuje problémy zapříčiněné pandemií koronaviru, které ovlivňují české stavebnictví. Jedná se o popis průběhu pandemie v ČR, popis dopadů na ekonomickou situaci v ČR, popis vybraných protiepidemických opatření a vládních kompenzačních bonusů. Součástí práce je popis dopadů pandemie u konkrétního stavebního podniku a také vypracovaná část dokumentace pro řízení stavební zakázky.
|
|
|
Biofyzikální charakterizace inhibice koronavirové nsp14 malými molekulami
Trembulaková, Pavla ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Dejmek, Milan (oponent)
RNA virus SARS-CoV-2 způsobil celosvětovou pandemii závažné nemoci COVID-19, která trvala více než rok. Opravné mechanismy tohoto viru během replikace výrazně snižují účinnost běžně používaných léků z kategorie nukleotidových analog jako je například remdesivir. Nestrukturální protein (nsp) 14 a nsp10 tvoří komplex, který plní exonukleázovou (ExoN) funkci a dále bude nazýván jako ExoN komplex. Nsp14 obsahuje aktivní místo komplexu, nsp10 je kofaktorem. Tento ExoN komplex a je pravděpodobně důvodem nižší účinnosti inkorporace nukleotidových analog v porovnání s viry bez exonukleáz. Tento komplex dvou proteinů s aktivním místem ve struktuře nsp14 obsahujícím dva hořečnté ionty se jeví jako dobrý cíl pro potenciální inhibitory ExoN aktivity a následného znemožnění vzniku dalších životaschopných generací viru. Mezi potenciální inhibitory tohoto ExoN komplexu patří isobavachalcon a sofalcon. Podle publikovaných studií tyto malé molekuly chelatují hořečnaté ionty v aktivním centru exonukleázové části nsp14, čímž inaktivují aktivní centrum ExoN komplexu a znemožní mu fungovat jako opravný prvek syntézy nové RNA. Tato práce se zaměřuje na charakterizaci chování proteinového komplexu nsp10 a nsp14 viru SARS-CoV-2 za přítomnosti malých vybraných molekul, isobavachalconu a sofalconu. Rovněž byly provedeny testy...
|
|
|
Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci...
|
|
|
Vývoj nezaměstnanosti v ČR v letech 2020-2021
Svobodová, Tereza
Diplomová práce se zabývá vývojem nezaměstnanosti na území České republiky v období 2020–2021. Cílem práce je reflektovat změny, které v nezaměstnanosti na daném území byly způsobeny důsledkem vládních restrikcí v zájmu ochrany veřejného zdraví obyvatel v souvislosti s šířením viru SARS-CoV-2. Práce na základě sekundárních dat ukazatele podílu nezaměstnaných osob interpretuje numerickou transformaci nárůstu nezaměstnanosti napříč regiony České republiky, které jsou dány do kontextu časových událostí zásahů do ekonomiky. Výsledky analytické části prokázaly, že vydaná protiepidemická opatření v rámci prevence k onemocnění covid-19 měla vliv na zvýšenou nezaměstnanost. Celorepublikový průměr podílu nezaměstnaných osob vzrostl k 31. 12. 2020 byl o 1,1 p. b. Zároveň lze na základě zjištěných výsledků konstatovat, že mezi regiony existovaly značné diferenciace, které jsou závislé na struktuře odvětví a jejich podílu na zaměstnanosti v daném odvětví. Nejvyšší meziroční nárůst k 31. 12. 2020 byl zaznamenán v okrese Karlovy Vary o 3,4 p. b., nejnižší v okrese Prachatice o 0,3 p. b.
|
|
|
COVID-19 a onemocnění ledvin
Stanovský, Samuel ; Čertíková-Chábová, Věra (vedoucí práce) ; Zahrádka, Ivan (oponent)
Infekce virem SARS-CoV-2 a onemocnění COVID-19 je v klinické praxi hlavně spojována s dominantním postižením respiračního systému různé závažnosti, od nezávažného průběhu jako infekce HCD až po život ohrožující respirační selhání. Na onemocnění COVID-19 však nelze nahlížet jenom jako na respirační infekci, ale je zapotřebí brát v potaz i možnost systémového postižení. Jedním z vnitřních orgánů, které můžou být přímo postiženy virem jsou ledviny. Poškození ledvin virem SARS-CoV-2 může nastat u zcela intaktních ledvin, rovněž může nasedat na již probíhající nefropatii. Pacienti s manifestním onemocněním ledvin jsou navíc považováni za pacienty s vyšším rizikem než zdravá populace stran onemocnění COVID- 19 z důvodu často významné imunosupresivní farmakoterapie, která může být součástí léčebných schémat různých nefropatií.
|
|
|
The evolution of SARS-CoV-2 virus during the pandemic of COVID-19
Karban, Šimon ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
Koronaviry jsou lidské a zvířecí viry, které u lidí způsobují respirační onemocnění. Jejich genom je nesegmentovaný a kóduje několik strukturních a nestrukturních proteinů. Vzhledem k tomu, že je genom koronavirů tvořen jednovlákennou RNA v pozitivním smyslu, kódují si vlastní RNA dependentní RNA polymerázu. Existuje několik hypotéz o původu viru SARS-CoV-2, žádná však zatím není definitivní. Následná pandemie nemoci COVID-19 způsobena virem SARS-CoV-2, měla zásadní efekt na zdraví a život lidí po celém světě. Doba trvání a závažnost této pandemie byly ovlivněny několika vlastnostmi viru SARS-CoV-2 - přenosnost, možnost asymptomatického průběhu, vážné symptomatické onemocnění u starších a chronicky nemocných pacientů a rychlá evoluce viru po jeho vstupu do lidské populace. Tato práce shrnuje dosavadní a aktuální poznání včetně argumentů pro předpokládané teorie vzniku tohoto viru, hlavní charakteristiky a varianty viru SARS-CoV-2 včetně selekčních výhod, které představily. Závěrem jsou diskutovány trendy v evoluci viru SARS-CoV-2. Klíčová slova: SARS-CoV-2, koronaviry, varianty, fylogeneze, původ, evoluce
|
|
|
Design and evaluation of potential viral methyltransferase inhibitors
Kocek, Hugo ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 potvrdila pandemický potenciál virů z čeledi Coronaviridae a potřebu pro nová antivirotika. V současné době máme v boji proti SARS-CoV-2 k dispozici vakcíny, monoklonální protilátky a nízkomolekulární inhibitory - nirmatrelvir (inhibitor proteázy), remdesivir (inhibitor polymerázy) či molnupiravir (mutagen). Remdesivir a molnupiravir byly původně připraveny jako inhibitory jiných virů, nicméně se ukázaly jako léčiva účinná proti SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 kóduje 16 nestrukturních proteinů a dva z nich - methyltransferázy (MTázy) nsp14 a nsp16 - se podílí na syntéze RNA čepičky. Ta viru umožňuje mimikovat hostitelovy mRNA, vyhnout se tak antivirovým senzorům (např. IFIT1) a úspěšně se replikovat. Vzhledem ke strukturní podobnosti nsp14 a nsp16 s MTázami SARS-CoV, lze předpokládat, že inhibitory vyvinuté vůči SARS-CoV-2 by mohly být použity v budoucnu vůči jiným koronavirům. Z výše zmíněných důvodů se tato práce zaměřuje na vývoj nových antivirotik cílících na nsp14 a nsp16 viru SARS-CoV-2. Design inhibitorů byl založen na S-adenosyl-L-homocysteinu (SAH; přirozený inhibitor MTáz), přičemž byla navržena in silico série látek s modifikovaným aminoalkylovým řetězcem. Inhibiční potenciál látek byl testován in silico molekulovým modelováním (docking a scoring) s pomocí softwaru Glide....
|
host ::
RSS.